Profil struktur dan komposisi spesies tumbuhan yang terdapat di ekosistem alami di Taman Kehati Pupuk Kujang menampakan beberapa lapisan tajuk pohon seperti gambar di sebelah kiri yang menunjukkan model komposisi dan struktur vegetasi alami terutama di Indonesia bagian barat (Sumatra, Kalimantan dan Jawa). Dari model tersebut dapat dikenal struktur dinamika hutan dipterokarpa pamah, hutan dipterokarpa campuran, dan hutan non dipterokarpa. Sedangkan di sebelah kanan adalah foto terkini hutan alami di Taman Kehati Pupuk Kujang, dimana tampak ada komunitas spesies pohon ukuran besar dan tinggi menjulang sebagai lapisan atas. Di bawahnya tumbuh komunitas pohon yang lebih kecil, pendek, dan juga terdapatnya spesies yang tumbuh memanjat, merambat pada pohon besar sebagai penghuni lapisan tengah. Di bagian lantai dasar hutan tampak banyak tumbuhan herba (terna), semai (anakan pohon), dan jamur serta satwa tanah yang tumbuh di atas serasah hutan. Dari profil tersebut tampak bahwa hutan alam di Taman Kehati Pupuk Kujang memiliki komposisi dan struktur yang lebih dekat dengan hutan non dipterokarpa pamah dengan keragaman yang tinggi.